Las líneas principales de investigación del Instituto de Ciencias Religiosas y Filosofía son las siguientes:

1. Teología y diálogo con las culturas

1.1 Teología práctica y culturas contemporáneas.

1.2 Teología dogmática - sistemática.

1.3 Teología moral y pensamiento social cristiano.

2. Filosofía y éticas aplicadas

2.1 Filosofía moderna y contemporanea.

2.2 Fenomenología y hermenéutica.

2.3 Filosofía política, filosofía práctica y bioética.

3. Religiones, interculturalidad y esfera pública

3.1 Religiosidad popular y pluralidad religiosa.

3.2  Estudios culturales y diálogo intercultural.

3.3 Ciencias de las religiones y diálogo interreligioso.