Las líneas principales de investigación del Instituto de Ciencias Religiosas y Filosofía son las siguientes:

1. Teología y filosofía en diálogo con el mundo contemporáneo.

1.1 Teología en diálogo con la cultura contemporánea.

1.2 Religiosidad popular en el norte de Chile.

1.3 Fundamentos del pensamiento y cultura actuales.

2. Desafíos regionales y transdisciplinarios de los procesos de globalización.

2.1 Desafíos interculturales en la realidad regional.

2.2 Creencias y rituales en el mundo indígena.

3. Ética, realidad social y religión.

3.1 Modernidad, sociedad, religión y derechos humanos.

3.2 Ética, universidad y realidad.